ՀՀ ազգային անվտանգության ծառայության քննչական դեպարտամենտը ձեռք է բերել փաստական տվյալներ այն մասին, որ Արա Վարդանյանը 2009 թվականի մայիսի 18-ից մինչև 2018 թվականի հուլիսի 20-ը, զբաղեցնելով ՀՀ կողմից հիմնադրված «Հայաստան» համահայկական հիմնադրամի գործադիր տնօրենի պաշտոնը, հիմնադրամի` առանձնապես խոշոր չափերով գույքը յուրացնելու նպատակով տնտեսվարող կազմակերպություններից մեկի տնօրենի օժանդակությամբ կազմել, հաստատել և ստորագրել է Արցախի շրջանների և Ստեփանակերտի հանրակրթական դպրոցներին ընդհանուր 292,833,540 ՀՀ դրամ արժողությամբ կահույք մատակարարելու վերաբերյալ կեղծ պայմանագրեր։
Բացի այդ նա 2014 թվականի նոյեմբերի 21-ին «Կոնվերս բանկ»-ի հետ կնքել է վարկային քարտով սահմանաչափի տրամադրման գրավի պայմանագիր, իսկ որպես վարկի ապահովման միջոց՝ նույն բանկում գրավադրել է հիմնադրամի հաշվին գտնվող «Մոզիյան» ֆոնդի 28 000 000 ՀՀ դրամ ավանդը և վարկային քարտով մինչև 2019 թվականի հունվարի 15-ը մարման ժամկետով ստացել տարեկան 19,10 տոկոսադրույքով 25 000 000 ՀՀ դրամի վարկային գիծ:
Առցանց խաղատներում խաղադրույք կատարելու նպատակով քարտի հաշվում առկա վարկային գծի դրամական միջոցներից խաղատների հաշվեհամարներին փոխանցել կամ կանխիկացրել է ընդհանուր 136 754 357, 29 ՀՀ դրամ, ինչի արդյունքում նշված գործարքների դիմաց բանկը որպես միջնորդավճար գանձել է ընդհանուր 230 479, 94 ՀՀ դրամ:
Նշված գործողություններով Արա Վարդանյանն էական վնաս է պատճառել «Հայաստան» համահայկական հիմնադրամին, ինչն անզգուշությամբ առաջացրել է ծանր հետևանքներ, այն է՝ հիմնադրամի հաշվում գտնվող «Մոզիյան» ֆոնդի 28 000 000 ՀՀ դրամ ավանդը գրավադրվել է «Կոնվերս բանկ»-ում։
2021 թվականի ապրիլի 13-ին քրեական գործը, վերոնշյալ 2 անձանց մասով մեղադրական եզրակացությամբ, ուղարկվել է նախաքննության նկատմամբ դատավարական ղեկավարում իրականացնող դատախազին՝ մեղադրական եզրակացությունը հաստատելու և գործն ըստ էության քննության առնելու համար դատարան ուղարկելու նպատակով։